El interior destaca por su sobriedad. En la Guerra de la Independencia también se destruyeron los retablos primitivos y fueron sustituidos por otros procedentes del cercano convento de Mercedarios del Pilar, en Javierregay. Se trata de piezas de la primera mitad del siglo XVIII. El retablo mayor fue ampliado en altura recientemente. Los otros dos que se encuentran en el crucero –dedicados a San Martín y a la Virgen de la Merced-, son excelentes trabajos de talla en relieve.
Del convento de de Javierregay también se aprovecharon otras dos piezas que visten actualmente las naves laterales. Tienen un desarrollo más sencillo con un lienzo enmarcado por aletones de hojarasca. Están dedicados a San Raimundo de Peñafort y a San Pedro Nolasco.
Finalmente merece una mención especial la pila bautismal ubicada a los pies de la nave Sur. Es una abigarrada pieza clasicista que recibe influencias de la capilla del Pilar de Zaragoza. Presenta un cerramiento semiesférico con un medallón que reproduce en relieve el bautismo de Cristo.